医療費控除とふるさと納税は併用できますが、医療費控除は確定申告が必要なのでワンストップ特例は無効になり、寄附も確定申告書に記入します。また医療費控除の分だけ住民税が減るため、上限も下がります（年収600万円・独身で医療費控除10万円なら約2,500円減）。
公開日：2026年11月3日 ／ 2026年11月時点の制度で解説
医療費控除は年末調整では受けられず、確定申告が必要です。確定申告をするとワンストップ特例の申請はすべて無効になるため、ふるさと納税の寄附金控除も確定申告書に記入します。ワンストップ特例の申請書を出していても、もう一度確定申告に書かないと控除されないので注意しましょう。
寄附金受領証明書（または、ポータルサイトが発行する「寄附金控除に関する証明書」）があればe-Taxで入力でき、医療費は「医療費控除の明細書」で集計します。
医療費控除（支払った医療費−10万円、総所得200万円未満は所得の5%）は所得控除なので、住民税所得割が減り、ふるさと納税の上限も下がります。独身・給与のみの場合の試算です。
| 年収 | 控除なし | 医療費控除10万円 | 30万円 |
|---|---|---|---|
| 300万円 | 28,000円 | 25,000円−2,400円 | 21,000円−7,100円 |
| 400万円 | 42,000円 | 39,000円−2,400円 | 35,000円−7,100円 |
| 500万円 | 61,000円 | 59,000円−2,500円 | 54,000円−7,500円 |
| 600万円 | 77,000円 | 75,000円−2,500円 | 70,000円−7,500円 |
| 700万円 | 108,000円 | 105,000円−2,900円 | 99,000円−8,600円 |
| 800万円 | 130,000円 | 127,000円−2,900円 | 122,000円−8,600円 |
| 1,000万円 | 183,000円 | 181,000円−2,900円 | 175,000円−8,600円 |
| 1,200万円 | 249,000円 | 246,000円−3,000円 | 240,000円−9,000円 |
| 1,500万円 | 394,000円 | 390,000円−3,600円 | 383,000円−10,700円 |
医療費控除10万円あたり、上限はおおむね2,500〜3,600円下がります（所得割が1万円減り、その20%を分母「90%−税率×1.021」で割り戻すため）。ただし判定税率の境目に近い年収では、税率区分が下がって数万円変わることもあります。医療費が多い年は、年末に医療費の合計を確認してから最後の寄附額を決めると安心です。
| 年収（独身） | 医療費控除10万円の節税額 | ふるさと納税上限の減少 |
|---|---|---|
| 300万円 | 15,100円 | −2,400円 |
| 400万円 | 15,100円 | −2,400円 |
| 500万円 | 15,100円 | −2,500円 |
| 600万円 | 20,200円 | −2,500円 |
| 700万円 | 30,400円 | −2,900円 |
| 800万円 | 30,400円 | −2,900円 |
| 1,000万円 | 30,500円 | −2,900円 |
| 1,200万円 | 33,500円 | −3,000円 |
| 1,500万円 | 43,700円 | −3,600円 |
医療費控除10万円による節税額は、所得税率＋住民税10%で年収に応じて約1.5万〜4万円。ふるさと納税の上限は数千円下がりますが、上限が下がるのは「寄附できる枠」が減るだけで、医療費控除をやめる理由にはなりません。医療費が10万円を超えた年は、医療費控除を申告し、そのぶん少なめに寄附するのが正解です。
節税額は医療費控除を所得控除に加えて所得税（復興税込み）・住民税を再計算した差額。上限の減少は判定税率の区分が変わらない場合の目安です。
年収と家族構成からふるさと納税の上限を計算手取り計算ツールに年収・配偶者・扶養人数・iDeCo掛金を入れると、手取りとあわせて控除上限の目安を表示します。
上限を計算する →医療費控除のために確定申告をすると、ワンストップ特例の申請はすべて無効になります。ふるさと納税の寄附金控除も、全ての寄附先の分を確定申告書に記入してください。
はい。医療費控除は所得控除なので住民税所得割が減り、上限も下がります。医療費控除10万円あたりおおむね2,500〜3,600円の減少です（年収や税率で変わり、判定税率の境目では大きく下がることもあります）。
確定申告（還付申告）で医療費控除とふるさと納税の寄附金控除を両方申告します。ワンストップ特例の申請は無効になるため、寄附金受領証明書をそろえて全件記入します。
下がります。セルフメディケーション税制も所得控除で、確定申告が必要です。医療費控除と同様に、ふるさと納税の寄附金控除も確定申告書に記入します。
本ページの金額は2026年11月時点の制度にもとづく当サイトの試算・解説で、個別の税額を保証するものではありません。最終的な判断は税務署・お住まいの自治体・税理士にご確認ください。